Neo ve Zion'un diğer isyancıları, Matrix'i dönüştürme çalışmalarına başlıyor. Neo'nun kendi gücünün ve misyonunun iyice farkına vardığı noktadan başlıyoruz filme. İlk filmde kendisini ve yoldaşlarını ajanların elinden kurtaran Neo, ikinci filmde bütün bir Zion şehrini ve sakinlerini kanatları altına almaya çalışacak. Bunun için de, ulaşmak son derece güç olsa da, Anahtarcı'yı bulmaları gerekiyor. Bu durum ise düşmanlarına yenilerini de katacaktır. Kendisini kopyalayıp, kopyalarından bir ordu hazırlayan Ajan Smith'e İkizler de katılır. The Matrix Reloaded'da, direnmeyi sürdüren tek insan kolonisi olan Zion'un kapıları seyircilere açılıyor. Fakat açılan kapılarından girmeye çalışan başkaları da olacaktır!..